На этот раз намного раньше выяснилось, что советское руководство покровительствует и защищает армянских сепаратистов-террористов. Первым шагом Горбачева на пути к реализации секретного плана, связанного с Нагорно-Карабахской автономной областью, явилось устранение из Политического Бюро Гейдара Алиева - самого мощного препятствия на этом пути. Несколько позже, в ноябре 1987г. в Париже армянский академик А.Аганбекьян, входивший в команду Горбачева, заявил о том, что передал свои предложения по поводу Нагорного Карабаха советскому руководству и в условиях перестройки и демократии надеется на решение этой проблемы. Функционирующий ранее тайно армянский "Карабахский комитет", его сепаратистско-террористическая организация "Крунк" ("Журавль") в Нагорно-Карабахской автономной области, теперь перешли к открытой деятельности, сформировалось движение "Миатцум" ("Объединение"). Это движение опиралось на потенциал Армении, Нагорно-Карабахской автономной области, Московского руководства, армян СССР и всего мира. С февраля 1988 года события направились в более агрессивное русло. В феврале в Ереване и Степанакерте прошла волна митингов сепаратистов и армянских националистов. 20 февраля сессия Совета Нагорно-Карабахской автономной области обратилась в Верховный Совет Азербайджанской ССР с просьбой рассмотреть вопрос о статусе области.
Этот факт свидетельствовал о том, что по сравнению с ноябрем 1945г. армяне изменили свою тактику.
В то время, как армянские сепаратисты-террористы вовсю развернули свою деятельность, выяснилось, что Центральный Комитет Коммунистической Партии Советского Союза и Советское правительство не заинтересованы в реальной оценке положения. Постановление от 24 марта 1988 года "О мерах по ускорению социально-экономического развития Нагорно-Карабахской автономной области Азербайджанской ССР в 1988-1995 гг." было намеренно направлено на сокрытие данного факта как акта сепаратизма. Такая поддержка еще больше вдохновила армянских сепаратистов и усилила их агрессию. Азербайджанское правительство во главе с А.Везировым, демонстрирующим перед Москвой покорность, занимало позицию измены своему народу и уступки агрессору. Наконец, Москва сделала еще один шаг на пути отторжения Нагорно-Карабахской автономной области от Азербайджанкой ССР: 12 января 1989 года Президиум Верховного Совета СССР принял постановление "О применении особой формы руководства в Нагорно-Карабахской автономной области Азербайджанской ССР". Цель была ясна: созданный в Нагорно-Карабахской автономной области Комитет Особого Управления должен был обеспечить отторжение автономной области от Азербайджана и присоединение ее к Армении. Однако, вовремя осознавший это азербайджанский народ в результате демократической борьбы добился ликвидации 28 ноября 1989 г. Комитета Особого Управления. Но вместо него была создана другая структура - Организационный Комитет. Воспользовавшись ситуацией, 1 декабря Армянская ССР приняла антиконституционное постановление о присоединении Нагорного Карабаха к Армении. Это было открытым правовым актом вмешательства Армении, направленным против территориальной целостности Азербайджанской ССР. Москва, как и следовало ожидать, закрыла на это глаза. Тем самым ситуация еще более обострилась. На этот раз руководство СССР во главе с Горбачевым совершило еще более страшное преступление против Азербайджана. Баку стал основной мишенью. Советское государство, нарушив конституционное обязательство перед своими гражданами, в ночь с 19 на 20 января 1990 года пустило в ход огромный войсковой контингент, вооруженный самой современной техникой и учинило кровавую резню в Баку. Во время массовых убийств в Баку были широко использованы солдаты и офицеры армянской национальности. Но трагедия 20 января не сломила волю азербайджанского народа, а еще более усилила борьбу за независимость и территориальную целостность республики. Наутро после трагедии 20 января Г.Алиев прибыл в представительство Азербайджана в Москве, решительно разоблачил криминальные деяния советского руководства, тем самым встав во главе справедливой борьбы азербайджанского народа. 30 августа 1991 года Верховный Совет Азербайджанской ССР принял заявление о восстановлении государственной независимости, а 18 октября был принят конституционный акт о государственной независимости Азербайджана. Воспользовавшись создавшейся ситуацией, армянские сепаратисты Нагорного Карабаха продолжили политическую консолидацию. В сентябре 1991 года они объявили о создании марионеточной структуры под названием "Нагорно-Карабахская Республика". Азербайджанская Республика отказалась признать эту структуру, и 26 ноября статус Нагорно-Карабахской автономной области был ликвидирован.
Институт истории имени А.Бакиханова НАНА